Archive for 8月, 2009
phpMailer 應用
星期四, 8月 27th, 2009PHP Mailer
$mail = new PHPMailer();
mb_internal_encoding(’UTF-8′); //避免主題亂碼
//Function
function MyMailer($mail, $to, $mailbody, $subject, $attachtrue, $filename) {
global $smtpsecure2, $smtphost2, $smtpport2;
global $username2, $password2, $replyto2;
global $from2, $fromname2;
$mail->IsSMTP();
$mail->SMTPAuth = true; // enable SMTP authentication
$mail->SMTPSecure = $smtpsecure2;
$mail->Host = $smtphost2;
$mail->Port = $smtpport2;
$mail->Username = $username2;
$mail->Password = $password2;
$mail->AddReplyTo($replyto2,$fromname2);
$mail->From = $from2;
$mail->FromName = $fromname2;
$mail->Subject = mb_encode_mimeheader($subject, “UTF-8″);
$mail->WordWrap = 50; // set word wrap
$mail->MsgHTML($mailbody);
$mail->AddAddress($to, “”);
//charset
$mail->CharSet=”UTF-8″;
if($attachtrue == 1) {
for($i = [...]
[IDEA]存取Windows系統ClipBoard
星期二, 8月 25th, 2009製作一個Javascript EDITOR, 可以直接存取Windows 系統 ClipBoard(剪貼簿)的資料/圖片,
如果沒有限定瀏覽器當然最好, 但如果功能只能在IE使用也OK.
以下的CODE參考自某論壇，還沒有嘗試過，先在此記錄一下：
function SetToClipboard(text) {
if (isIE)
window.clipboardData.setData(”Text”, text);
else if (isFF) {
try {
netscape.security.PrivilegeManager.enablePrivilege(”UniversalXPConnect”);
} catch (every) { window.alert(jsresClipboardNotAllowed); return null;}
var clip = Components.classes["@mozilla.org/widget/clipboardhelper;1"].getService(Components.interfaces.nsIClipboardHelper);
clip.copyString(text);
}
}
如果在editor能夠進行裁剪更佳~
還沒實作過, 這個IDEA如果可以實現, 在部落格寫教學將會非常方便. (不用一直使用圖片編輯器來處理圖像)
XP 關閉隨身碟自動播放 Disable USB AutoPlay
星期二, 8月 25th, 20091. 開始 > 執行 > 輸入 “gpedit.msc”
2. 電腦設定 > 系統管理範本 > 系統 > 關閉自動播放
3. 點選”已啟用” > 所有磁碟機 > 確定
這樣就可已關閉XP的隨身碟自動播放. 但不保證這個方法可以徹底提防隨身碟病毒.
[R]MicroArray Preprocessing
星期一, 8月 24th, 2009Preprocessing includes
– Image analysis and data import
– Background adjustment
– Normalization
– Summarization (for Affymetrix)
– Quality assessment
Practise Data:
使用limmaGUI匯入two-channel microarray data
參考: http://bioinf.wehi.edu.au/limmaGUI/
A. 下載 Swirl Zebrafish資料
http://bioinf.wehi.edu.au/limmaGUI/Swirl/swirl.zip
B. 安裝 Bioconductor
> source(”http://bioconductor.org/biocLite.R”)
> biocLite()
C. 安裝以下packages: convert, limma, arrayQuality, marray, mclust, hexbin, limmaGUI, sma, tkrplot, R2HTML, statmod
程式套件 > 選擇存放處 > CRAN, CRAN(extra), BioC software
程式套件 > 安裝程式套件 (或用install.packages(”convert”)
利用affylmGUI匯入two-channel microarray data:
準備動作:
A 安裝estrogen package以取得estrogene dataset:
程式套件 > 選擇存放處 [...]
[R]Data Clustering
星期四, 8月 20th, 2009講師: 陳倩瑜
Feature Selection 課程組織
屬性的選擇
Clustering:分群
(Unsupervised Learning)
Classification: 分類
(Supervised Learning)
這堂課的大鋼會比較涵蓋在演算法上, 一些函數的背景理論與應用.
首先假設我們拿到的資料已經經過整理,
來自不同病人的資料整理成一個二維的陣列.
縱軸可能是 時間的差異, Condition,
—————————————-
| sample |
—————————————-
| gene1 |
—————————————-
| gene2 |
—————————————-
若作clustering, 屬性相同的會被歸類在一起.Data Clustering concerns how to group similar objects together while spearating dissimilar objects.如何判斷行不行? 當你拿到一群資料的時候, 就可以從一大群資料去判斷有甚麼關連性, 以及如何分群.
這樣的方法在很多地方都有用到, 如: machine learning, Data mining, Pattern recognition, Image Analysis, Bioinformatics.
Hierarchical
http://en.wikipedia.org/wiki/Cluster_analysis
http://nlp.stanford.edu/IR-book/html/htmledition/hierarchical-agglomerative-clustering-1.html
巢狀式,
階層式 (應用在基因的概念上)
Agglomerative
Divisive
HAC (hierarchical agglomerative clustering) 先把像的東西放在一起, 決定第一刀切在哪裡.
方法如下:
1. 先決定兩個人的相似程度, 比如: A有25000個FEATURE, B有25000個FEATURE
Proximity matrix [...]
[R]Data Analysis
星期三, 8月 19th, 2009Class Comparison: 比較不同Class的類別, 屬性
Class Discovery: 從一群Data中去歸類, 相似性
Class Prediction: 有新的data, 能不能用來歸類於現有的Class
Class Comparison
找出顯著差異的.
不考慮基因與基因的Interactions.
用FoldChange(FC) = Expression of Experriment al Sample / Expresssion of Reference Sample
可用Scatter plots 及 MA-plots Visualized, 但Fold-Change沒辦法找出顯著差異, 不具有統計意義,但還是很多人喜歡使用, why? 因為統計上需要大量的SAMPLE, 而一般實驗沒有那麼多的sample, 只能用Fold Change 來表示.
P-value: 機率的概念. 在正常情況下, 我看到這樣的CASE的機率到底有多少? 例如: 在大家都買樂透的情況下. p-value越小越好, 表示越顯著. alpha-value是臨界值, 若p-value小於alpha-value, 則有顯著. 所以一般上習慣把alpha-value設得比較小.
分析一般的 Microarray data方法:
Parametric Hypothesis Testing (有常態分布)
Paired Data :z-test, t-test
Unpaired Data :two-sample, [...]
Windows 7 網路問題
星期六, 8月 8th, 2009最近在兩台電腦上都測試安裝了Windows 7, 但安裝更新重開後都遇到相同的問題, 也就是網路突然不通了.
在摸不著頭腦的情況下也只能一直隨意測試,看看問題在哪裡, 後來嘗試了幾個方法總算解決了網路不通的問題.
參考了Windows 7 Club 的經驗分享, 發現解決方式都跟我不太一樣, 各位不妨都試試看, 說不定有其中一個方法是適合你的.
測試主機板: GIGABYTE MA78GM-S2H
作業系統: Windows 7 Ultimate RTM
測試環境: 區域網路
問題:
重灌後, 安裝各家軟體, 安裝更新重開後, 網路不通.
解決辦法:
開始 -> 我的電腦(右鍵) -> 內容 -> 裝置管理員 -> 展開網路介面卡 -> 網路卡名稱(右鍵) -> 更新驅動程式 -> 瀏覽電腦上的驅動程式軟體 -> 讓我從…..挑選 -> 再點兩下網路卡名稱 -> 完成安裝 -> 關閉
然後再重開機看看.
我是這樣做就可以上網了.
還有一個方法:
點選工作列(右下角)的網路共用中心 > 變更介面卡設定 > 區域連線 > 內容 > 如上圖, 不要勾選 “允許電腦關閉這個選項”.